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2011年，受上海交通大学时任校长张杰院士的邀请，霍普克罗夫特开启了与中国特别是上海交大计算机科学研究与教育的深度合作。他率先提出在中国建立以关注计算机领域的基础问题、培养计算机领域杰出人才为目标的学术特区。在他的推动下，2017年1月，上海交大成立了约翰·霍普克罗夫特计算机科学中心，旨在引进一流人才，聚焦理论科学研究和创新人才培养。

同时，霍普克罗夫特促进上海交大与美国顶尖高校开展教育合作，邀请20余位全球知名学者为本科生开设42门次前沿课程。在他的推动下，致远学院选派近200名本科生在康奈尔大学进行1个月到6个月的修课与实习，并将合作辐射到数学和化学等方向。2016年，为表彰其在中国高等教育界多年的工作成果，他被授予中国政府友谊奖。

“大一刚入学，我就参加了霍普克罗夫特教授的座谈会，他喜欢和我们面对面聊天，并鼓励我们专注于让自己感到兴奋和好奇的研究领域，进而做出真正有价值的工作，这给刚入学有些迷茫的我莫大的鼓舞和勇气，让我下定决心以霍普克罗夫特教授为榜样，努力追求自己热爱的研究领域。”上海交大致远学院2021级约翰·霍普克罗夫特班的张天宇同学说。

近年来，霍普克罗夫特与中国学者在社交网络理论研究方面取得丰硕成果。他们共同定义了“隐藏社区”“社区核心”等一系列基本概念，这成为分析大规模复杂社交网络的重要工具。他与中国学者合作，确立了网络鲁棒性的度量标准，揭示了复杂网络的极限特性，并定义了网络共性的判别原则。在神经网络的分析方面，他与中国学者合作提出了神经网络中层表征相似性的度量方式。